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分子实验介绍——荧光定量PCR检测

荧光定量PCR是检测生物样品中RNA含量的普遍的方法，通过荧光染料或荧光标记的特异性的探针，对PCR产物进行标记跟踪，实时在线监控反应过程，结合相应的软件可以对产物进行分析，计算待测样品模板的初始浓度。目前主要使用Sybr green和taqman法对RNA含量进行检测。lncRNA-Seq可一次性获得样本中全部的lncRNAs信息，对lncRNAs的类别、功能进行的深入分析，从而快速准确地获得与特定生物学过程（例如发育、疾病等）相关lncRNA信息。Sybr green在低样本量时成本较低，目前选用的较多。

SYBR Green I是一种只与DNA双链结合的荧光染料。当它与DNA双链结合时，发出荧光；从DNA双链上释放出来时，荧光信号急剧减弱。因此，在一个体系内，其信号强度代表了双链DNA分子的数量。SYBR Green荧光染料法定量PCR的基本过程是：1、开始反应，当SYBR Green染料与DNA双链结合时发出荧光。双向电泳分离待测样品(1)一相等电聚焦前处理按照所用仪器的厂商提供操作手册进行。2、DNA变性时，SYBR Green染料释放出来，荧光急剧减少。3、在聚合延伸过程中，引物退火并形成PCR产物。4、聚合完成后，SYBR Green染料与双链产物结合，定量PCR系统检测到荧光的净增量加大。

实验流程：细胞或组织RNA提取-RNA浓度检测-RNA逆转录-定量PCR检测。

结果示例：

图 A 基因扩增曲线图；B 基因扩增溶解曲线图；C mRNA相对表达量变化

从图中可以扩增曲线可以看出目的RNA扩增效果，溶解曲线可以看出引物识别特异性情况，通过使用ΔΔCt方法计算可以得到每个组中目的mRNA表达变化。

蛋白质定量组学服务

细胞内蛋白质组丰度的动态变化对不同生命过程有重要影响。例如在许多疾病的发生和发展进程中，常常伴随着某些蛋白质的表达异常。离心后吸上清液400u1移入相应编号的EP管中，再加入400ul异充分混匀。目前定量蛋白质组学技术主要分为标记(label)策略和非标记的(label free)定量策略，其中标记策略又分为体内标记(如 SILAC、15N 标记)，以及体外标记(如 iTRAQ、TMT 标记) 。

传统的基于2D双向凝胶电泳分离的蛋白质组通常可以鉴定出约1000种蛋白，对全蛋白质组的覆盖仅在5~10%左右，不能满足高通量定量蛋白质表达谱分析的要求。我们结合样品制备与高分辨率、高灵敏度的液相色谱-质谱联用技术，可在细胞与组织类样品中鉴定直至多于10000个蛋白，对全蛋白质组的覆盖>60%。MiRNA是一类可以通过RNAi机制调节基因表达的内源性小RNA，人工miRNA与shRNA的设计原理基本相同，由于miRNA具有内源性，因此其更易产生有效的基因沉默。结合生物信息学分析，为您构建高通量蛋白质定量表达谱。

25.PCR扩增不出就引物有问题吗？

答：基本不是。当今发展出各色各样的PCR扩增技术，各色各样的高温聚合酶，就是来解决PCR扩增中遇到的扩不出、扩增效率低的问题。SNP是我们考察遗传变异的单位,据估计,人类的所有群体中大约存在一千万个SNP位点。如巢式PCR就是扩增那些拷贝数很低的基因片段。 有些重复片段的扩增, GC含量高的片段，非要采用特殊扩增手段才能扩增出了。

引物扩增不出，主要是下列两种情况比较常见：

（1） RT-PCR。请注意，很多基因通过常规RT -PCR方法是很难扩增出来的。 RT- PCR成功的关键在于RT的反应的RNA质量和目标基因在特定组织和细胞中含量。

（2）从基因组中扩增。一般情况下，基因在基因组中都是单拷贝，基因组作为模板需要严格控制用量。基因组DNA过高，会影响反应体系中的Mg和pH