次氯酸水消毒剂的优势：次氯酸消毒剂效果受有机物多少、使用消毒剂浓度、温度、等因素的影响。消毒对象体系中的有机物多，杀菌效果相对降低，消毒剂浓度增加、温度升高，均能使用其杀菌作用增强。在未添加有机物的条件下，悬液杀菌试验，有效含氯量50mg/L的次氯酸消毒剂在20℃~25℃、3min对枯草菌黑色变种芽孢的杀菌率达99.999%以上，在40℃时，同样有效氯含量的次氯酸水达到相同的效果仅需30S;而60mg/L的次氯酸消毒剂在35℃，1min可以达到同样的杀灭效果。
次氯酸水消毒剂是解决次氯酸容易降解的办法，以密闭阻光的容器，经常六个月的时间其总自由氯含量才降解一半，重要的是消毒的使用浓度与其他酸性次氯酸溶液高出不多。 这是因为我们将容易被降解的次氯酸藏起来，让他不会立即产生氧化还原反应，当有病菌消耗掉次氯酸时，我们再将次氯酸根转换为次氯酸，如此循环可同时保有良好消毒效果及保存效果。
凡是能溶于水产生次氯酸水的消毒剂，统称为含氯消毒剂。它是一种古老的消毒剂，但至今为止任然是一种优良的消毒剂。含氯消毒剂的消毒能力，取决于有效氯含量(相当于多少氯的氧化能力)。
次氯酸在杀菌和杀病毒过程中,不仅可作用于细胞壁、病毒外壳,而且因次氯酸分子小,不带电荷,还可渗透入菌(病毒)体内,与菌(病毒)体蛋白、核酸、和酶等有机高分子发生氧化反应,从而病原微生物 R-NH-R + HClO → R2NCl + H2O。同时，次氯酸产生出的氯离子还能显著改变细菌和病毒体的渗透压，使其细胞丧失活性。