清洗水箱要降低蓄水箱里的水位，然后清洗师傅拿着清洗工具，顺着水箱侧边的梯子爬到水箱的顶部，小心翼翼地蹲下身子，从狭小的入口处进入内部清洗。水箱内部布满了错综复杂的支撑杆，清洗工人得猫着腰，用清洁球和刷子，来回在支撑杆下移动清洗。 内壁刷洗完毕后，清洗人员会开排水阀，或用抽水泵将池底的沉淀物直接通过水箱泄水口排到下水道，然后用清水冲洗水箱，并配制消毒液，均匀洒在水箱内壁表面消毒，后再用清水将水箱冲洗干净。
水箱清洗必须注意劳动保护和安全；消毒剂必须配制成透明液体，以防止喷雾器堵塞(配药时应戴口罩)。稳定二氧化氯的制备方法:以1.0吨水箱消毒为例，需要制备3公斤浓度为200PPM的消毒剂；1.清洗水箱内壁；2.用容器盛80毫升消毒剂原液，加入8克活化剂，摇匀或搅拌溶解，加入8公斤清水稀释，5分钟后淡黄色备用。3.喷洒水箱，将稀释后的8公斤消毒剂全部喷洒在水箱内壁，使其湿润；4.喷水后6分钟可以喷水。
除杂物和清池时，先用铁铲铲出池内泥砂及各种沉积物，然后用扫把或尼龙刷从水池（箱）的顶部——四周墙壁——水池（箱）底顺序，依次反复刷洗。刷洗完毕用高压水枪整体冲洗一遍，排出污水。杀菌(1)、用1100的灭菌净（一般为漂白精粉）水溶液进行消毒，用扫把或尼龙刷依次反复刷洗杀菌，并将水池（箱）盖好，封闭半小时后排出消毒水。(2)、水箱内注入适量自来水，用清水将上述位置反复清洗，冲洗出杀菌水。