档案整理首先要保持历史联系的关联性
某些档案材料由于保存的时间较长，其自身和档案整理体系都会发生某些变化，也要对其进行相应的调整。对零散文件的整理，且对档案进行全过程的整理工作，包括区分全宗类档案的分类。整理工作的基本原则是大方向的整理，首先就是必须保持文件之间真实历史的联系，而文件之间历史联系主要体现为文件在其来源、形成、时间、内容和形式等方面密不可分的关联性。因此我们这个原则，首先要保持文件之间这种历史联系以及各个方面的关联性。
档案整理数字化处理的四个步骤
档案数字化前处理工作是对档案数字化转换前开展的一种技术准备工作，是在充分尊重档案真实的基础上，从便于保管利用的角度出发，为适应档案数字化的技术要求开展的一项基础性工作。档案数字化前处理工作是档案信息化的基础，对于整理工作的开展具有十分重要的意义。
档案数字化处理首先要确定扫描页。原则上应将确定为数字化对象的纸质档案全部扫描，不宜进行挑扫。如有不需要扫描的页面应加以标注。第二步要编制页号。应对没有页号或页号不正确的档案重新编制页号。在重新编制页号时，一般用铅笔。应将破损页面、缺页等特殊情况进行登记。第三步是拆除装订。应以对纸质档案的保护为原则确定是否拆除装订。第四步是技术修复。褶皱不平影响扫描质量的纸质档案应先进行压平等相应技术处理。
档案整理的质量由人员水平和管理人员决策共同决定
档案整理工作的质量会直接受到档案管理人员业务水平高低的影响，为了提案管理人员的业务水平，让其能够更好的适应档案组织整理工作的需要，尽可能的调动工作人员的工作积极性，增强他们的工作责任心。由于积存文件特别是零散文件不管是从种类上还是从载体上来说，都具有多样化的特点，所以还需要及时更新管理方法，这就对档案管理人员提出了更多的要求。
档案整理的分类和实用整理步骤
根据所有的档案把不同类别的档案区分开来；鉴别每一份文件的保管期限，相同保管期限、相同类别的档案材料作为一个组卷单位，不同类别、不同保管期限 资料不能混装在同一个档案盒中。排序采用年度一保管期限一分类的方法，同一保管期限的档案资料，同一责任者的档案资料按档案形成的时间先后排序，报告、请示件要同批示、批复一起组件，批复、批示在前，请示报告在后;正件在前、附件在后;正本在前，定稿在后;转发件在前，被转发件在后重大活动资料可装订成册，作为一件。在组卷过程中，去掉 重复的档案材料，同类文件较少的能够立薄卷。