清洗消毒前，清洗消毒人员要着的洁净工作服、鞋、橡胶手套等，并备有照明用具和清洗工具进入水箱，消毒操作时还应戴防护眼镜和口罩。使用的清洗消毒工具要，使用前经消毒清洁，不得对水箱造成污染。加进清水20-30分钟。用高压水冲洗整个水池的池壁，将冲洗的淤泥、污水清除干净。放进清水，再次清洗池壁、池底（多次），排干。
清洗水箱要降低蓄水箱里的水位，然后清洗师傅拿着清洗工具，顺着水箱侧边的梯子爬到水箱的顶部，小心翼翼地蹲下身子，从狭小的入口处进入内部清洗。水箱内部布满了错综复杂的支撑杆，清洗工人得猫着腰，用清洁球和刷子，来回在支撑杆下移动清洗。 内壁刷洗完毕后，清洗人员会开排水阀，或用抽水泵将池底的沉淀物直接通过水箱泄水口排到下水道，然后用清水冲洗水箱，并配制消毒液，均匀洒在水箱内壁表面消毒，后再用清水将水箱冲洗干净。
初次整理作业（根底事态作业）用消毒水、白洁布对装配式不锈钢水箱上体及设备（人孔、扶梯、透气管、进出水管等）的锈斑进行处理；铲除沉淀物：铲除箱顶、底部的腐蚀点及沉淀物和废水。铲除附着物：不锈钢水箱对没有彻底整理掉的附着物、铁锈等做整理；其次整理作业、用高压水再次清洗，残留水处理：整理后把残留的水处理掉，洁净水箱内部、消毒水箱在使用过程中，不要将其他轻盈设备放置在水箱顶部。
水池（箱）清洗消毒安全注意事项：1、在水池（箱）内作业时，光源需采用36V以下的安全电压，用手电筒式应急灯。2、抽污水的潜水泵应装漏电开关，漏电开关应提前试验并确认动作可靠。3、水池（箱）消毒人员需戴防护眼镜和口罩，如果在水池（箱）内感到头晕，气喘则应马上离开水池（箱）到外面呼吸新鲜空气。 4、上下水池（箱）时应把紧扶手，踩稳不锈钢梯，严防跌落。