清理滤清器要按照顺序进行滤清器的清理顺序应该是：首先，取下主滤芯，用干净的布或橡皮塞堵住滤芯两端，用软毛刷沿折缝方向刷去滤芯表面的灰尘，轻轻敲击滤芯端面，使灰尘脱落。或者可以使用0.2-0.3MPa压缩空气或皮老虎从滤芯由内向外吹气，吹去黏附在滤芯外表面上的灰尘。其次，检查主滤芯是否破损。上、下端面是否翘曲不平、主滤芯橡胶密封圈是否破损、主滤芯内侧是否有灰尘。若存在上述问题，应立即更换主滤芯。然后，用手电筒检查滤芯是否破损。检查时不要拆下安全滤芯，若安全滤芯有破损应立即更换。
粗滤器串联在机油泵和主油道之间，故又称之为全流式滤清器，用来清除机油中较大的杂质。主要由上盖、外壳、纸滤芯及旁通阀等组成。当发动机工作时，带有压力的润滑油送入滤芯周围入滤芯周围的空腔内，油中较大的杂质被纸滤芯挡住，而干净的润滑油进入滤芯的内腔，然后经出油口进入气缸体的主油道。
细滤器：其作用是滤掉润滑油中更小的杂质，通常与主油道并联，有离心式和纸板式两种。
离心式细滤器的结构：空心的转轴固定在外壳上，转子体及端套连成一体，坐落在止推轴承上，可绕转子轴自由转动。压紧螺母将转子盖与转子体紧固在一起，上面用弹簧压紧，以限制转子轴向移动，转子下面装有两个互成反向的喷嘴。
安全滤芯滤纸渗透率大、阻力小、过滤效率低，在只安装安全滤芯时不允许启动发动机。安全滤芯不需要保养清灰，在保养的时候不允许取下安全滤芯。以免灰尘进入进气道(即使是停机)。若发现安全滤芯上有灰尘，可能就是主滤芯已破损，应立即更换主滤芯和安全滤芯。
当然，当清理主滤芯的时候有灰尘掉在安全滤芯上面的时候是可以将安全滤芯拆下来清理的。建议可以保留一个以前换下来的安全滤芯，这个时候可以暂时先把它安装上去，当清理完以后再换回来。