冲洗船舱的灰土、船舱垫尘、油污等产生的废水，该类废水属于含油废水或含有一定毒性液体的污水。定期清洗船舶燃油舱安全有效的方法是安排船舶进坞彻底检查和清洗，短期内安排全球所有正在使用HSFO的船舶进船坞清洗燃油舱并不现实。清洗方法所用时间是基于航运实践的经验总结，并不一定适用于每一船舶。IMO也表示，船舶为满足0.50%m/m含硫量上限而备舱所需的时间和工作量难以预估。
指南中重要的一个技术环节就是关于船舶在开始使用含硫量低于0.50%m/m的合规燃油前的燃油舱清洗问题。建议会员船东还应尽早安排船舶油舱清洁的各项工作，以满足即将到来的2020全球限硫新标准。提前预订添加剂，并确保计划执行燃油舱清洁的轮机长和轮机员知道如何正确使用添加剂。与租家及时沟通，为聘请工程队清洗合理安排好船期。
在2015年，IMO实行排放控制区（ECA）内使用0.10%m/m含硫量上限的规则生效后，已经有很多船舶采用添加剂的方式清洗燃油舱成功的案例。燃油舱应定期清洗，以清除淤积的沉淀物和污泥，油舱通常是在干船坞或燃料箱检查期间进行。船舶进入船坞进行燃油舱清洗所需要的时间因船而异，但一般来说每个燃油舱清洗的平均耗时为2-4天，再加之对船舶燃油系统管路的冲洗。